Nazwa miejscowości Cieksyn pochodzi od miana osobowego Cieksza, uformowanego
od słów cieknąć lub ciec. Najstarsza wzmianka źródłowa świadcząca o istnieniu tutejszej parafii pochodzi z 1423 r. W niektórych, zwłaszcza XIX-wiecznych materiałach, wiąże się początki świątyni w Cieksynie, z umieszczonym na belce łuku tęczowego rokiem 1162, widocznym do czasów I wojny światowej. Jednak analiza dostępnej bazy źródłowej, jak również ogólne ustalenia dotyczące rozwoju sieci ośrodków duszpasterskich na Mazowszu, skłaniają do stwierdzenia, że powstanie parafii Cieksyn należy raczej datować na XIV stulecie. Prawdopodobnie fundatorem parafii był rycerz Falenta, wzmiankowany w dokumencie z 28 listopada 1459 r. Nie wiadomo, czy wywodził się z rodu Bielińskich h. Junosza, którzy co najmniej od XIV w. byli właścicielami Cieksyna i okolicznych miejscowości.

      Już w najstarszych zachowanych dla parafii Cieksyn aktach wizytacji, wymienia się
św. Dorotę, jako patronkę świątyni. Natomiast pierwsze wzmianki świadczące o obchodzeniu odpustu
w święto Rocha, patrona od morowego powietrza, pochodzą z XIX w.

      W 3 ćwierci XVI w. (na cegle wyryty 1569 r.) bp Jakub Bieliński (zm. 1583 r.) sufragan płocki oraz jego bratankowie Jan Borukowski (zm. 1584 r.) biskup przemyski, podkanclerzy koronny
i Piotr Borukowski (zm. 1587 r.) opat benedyktynów płockich, kanonik płocki ufundowali
w rodzinnych dobrach świątynię w formie, którą możemy oglądać współcześnie. Wykonanie prac powierzono słynnemu na Mazowszu budowniczemu Janowi Baptyście z Wenecji. Dzieło zakończyła uroczysta konsekracja, dokonana w 1580 r., przez inicjatora bpa Jakuba Bielińskiego.

      Z pierwszego zachowanego aktu wizytacji, z 1599 r. dowiadujemy się, że w skład parafii wchodziły następujące miejscowości: Błędowo, Borkowo, Cieksyn, Czajki, Falbogi, Gadowo, Gawłowo, Gawłówek, Konary, Lelewo, Ruszkowo, Ruszkówek, Śniadowo, Wólka Cieksyńska, Zakobiel Mała, Zakobiel Wielka, Żołędowo.   

      W przekazach źródłowych zachowały się wzmianki o rozgrywających się na tym obszarze wydarzeniach historycznych. Wspomnieć można chociażby o olbrzymich zniszczeniach, jakie przyniosła II wojna północna z lat 1655—1660, nazywana potopem szwedzkim. W szlak działań wojennych armii napoleońskiej, podczas tzw. pierwszej wojny polskiej (1806–1807), wpisała się potyczka rozegrana pod Borkowem 24 grudnia 1806 r. W trakcie Powstania Styczniowego,
26 sierpnia 1863 r. proboszcz cieksyński ks. Kacper Strusiński, został wzięty jako zakładnik przez przechodzący przez Cieksyn oddział wojsk rosyjskich, gdyż uznano, że dźwięk dzwonów kościelnych (de facto wzywający wiernych na poranną Mszę Św.), miał ostrzec oddziały powstańcze przed zbliżającym się nieprzyjacielem. Działania zbrojne rozgrywały się na omawianym obszarze podczas dwóch wojen światowych. Krwawe zmagania nad Wkrą pod Borkowem toczone były również w 1920 r., w ramach bitwy warszawskiej.

      Upływ czasu, zniszczenia wojenne sprawiły, że w ciągu wieków świątynia cieksyńska przeszła kilka poważnych remontów i modernizacji. Uszkodzenia przyniosły XVII-wieczne walki
ze Szwedami, a kamienne kule z tego okresu do dziś tkwią w murach kościoła, po stronie północnej. W 1719 r. świątynię restaurował Jan Borukowski. Gruntowne remonty kościoła przeprowadzono
w latach: 1823–1824, kosztem Tadeusza Przybylskiego, właściciela dóbr Cieksyn; 1867–1879, staraniem ks. Piotra Bobra oraz 1909–1911, pod kierunkiem ks. Mariana Kowalskiego, według projektu Stefana Szyllera. Odbudowę zniszczeń z okresu I wojny światowej przeprowadził ks. Adam Justyn Murawski. Natomiast po zakończeniu II wojny światowej świątynię remontował ks. Tadeusz Kamiński, proboszcz cieksyński w latach 1945–1967. Zakupił 17-głosowe organy, odnowił kościół
z zewnątrz, sprawił gipsowe stacje Drogi Krzyżowej. W 1952 r. Stefan Domurat wykonał polichromię, sprowadzono neogotycki prospekt organowy, a w latach 1957–1958 odrestaurowano rzeźby Grupy Ukrzyżowania. Staraniem tego proboszcza wyremontowano również parkan, zelektryfikowano kościół, ufundowano dzwon, wybudowano plebanię, a także ogrodzenie cmentarza grzebalnego. Kolejny proboszcz ks. Jan Radomski (1967–1977) przeprowadził wymianę tynków zewnętrznych świątyni, zabezpieczył uszkodzone fragmenty dachu, odnowił parkan oraz zradiofonizował kościół. Ks. Józef Janicki (1977–1993) wykonał remont części dachu, odnowił wnętrze świątyni, ołtarze boczne, ambonę oraz chrzcielnicę. W 1982 r. w kaplicy ufundowano witraż Jezus Miłosierny. Natomiast w 1985 r. zakupiono dwa dzwony. W latach 1993–2000 ks. Adam  Staniszewski odnowił ołtarz główny, sprawił dębowe ławki oraz dwa konfesjonały. W Roku Wielkiego Jubileuszu Chrześcijaństwa, z jego inicjatywy przebudowano posadzkę w prezbiterium, wykładając ją marmurem, ufundowano mensę ołtarzową i ambonę. W latach 2000–2009 opiekę nad zabytkową świątynią sprawował ks. Józef Szczeciński. Została wykonana izolacja pozioma, osuszono zewnętrzne i wewnętrzne mury kościoła. W latach 2001–2004 na całości świątyni wymieniono więźbę dachową, dach pokryto blachą ocynkowaną, zaś na wieży blachą tytanowo-cynkową oraz położono nowe tynki na kościele i parkanie. Natomiast w latach 2004–2005 odkuto tynki wewnątrz świątyni, wymieniono instalację elektryczną, nałożono tynki renowacyjne i wykonano malaturę. Ponadto wyremontowano plebanię. Wokół kościoła przeprowadzono niwelację terenu i drenaż odwadniający, położono kostkę brukową oraz ufundowano stacje Drogi Krzyżowej. Została przeprowadzona konserwacja figury Matki Bożej z Dzieciątkiem, figury św. Rocha, a także drzwi głównych. Dokonano również pierwszego etapu restauracji ołtarza głównego, który obejmował konserwację obrazów i rzeźb.

      Staraniem ks. Krzysztofa Krawczaka, obecnego proboszcza parafii Cieksyn zakończono drugi etap prac konserwatorsko-restauratorskich przy ołtarzu głównym, ławki wyłożono obiciem, w kościele zainstalowano ogrzewanie punktowe oraz wymieniono meble w zakrystii. Z konserwacji powróciła XVIII-wieczna lampa wieczna oraz mechanizm zegarowy. W trakcie realizacji jest restauracja zabytkowych organów.